犯本罪的，对首要分子，处三年以上七年以下有期徒刑;其他积极参加的，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利。

本罪只追究聚众扰乱军事管理区秩序的首要分子和积极参加者的刑事责任，而不追究一般参与者。“首要分子”，是指在聚众扰乱军事管理区秩序犯罪活动中起组织、策划、指挥作用的犯罪分子;“积极参加的”，是指主动参加扰乱军事管理区秩序犯罪活动的，在实施犯罪起了重要作用或者有其他犯罪行为的等。

对聚众扰乱军事管理区秩序的首要分子，在判处主刑的同时，一般也应附加剥夺政治权利。

相关知识：聚众扰乱军事管理区秩序罪的认定

(一)区分本罪与非罪的界限

本罪以聚众扰乱军事管理区秩序“情节严重”，“致使军事管理区工作无法进行”，“造成严重损失”作为犯罪构成要件。认定时，这三个条件必须同时具备，缺一不可。否则，不构成犯罪。情节轻微，尚不够刑事处罚的，比照《治安管理处罚条例》第十九条处罚。

(二)区分本罪与聚众扰乱社会秩序罪的界限

聚众扰乱社会秩序罪，是指聚众扰乱社会秩序，情节严重，致使工作、生产、营业和教学、科研无法进行，造成严重损失的行为。两罪在犯罪主体、主观方面、客观方面相同或者近似，其主要区别在于：一是犯罪客体不同。前者侵犯的直接客体是军事管理区秩序;后者侵犯的直接客体是社会管理秩序。二是犯罪对象不同。前者的犯罪对象是军事管理区，后者的犯罪对象是非军事管理区。